References
-
Seminario, J. M. Calculation of Intramolecular Force Fields from Second Derivative Tensors. Int. J. Quantum Chem. 1996, 60 (7), 1271–1277.
https://doi.org/10.1002/(SICI)1097-461X(1996)60:7<1271::AIDQUA8>3.0.CO;2-W. -
Case, D. A.; Aktulga, H. M.; Belfon, K.; Ben-Shalom, I. Y.; Brozell, S. R.; Cerutti, D. S.; Cheatham III, T. E.; Cisneros, G. A.; Cruzeiro, V. W. D.; Darden, T. A.; Duke, R. E.; Giambasu, G.; Gilson, M. K.; Gohlke, H.; Goetz, A. W.; Harris, R.; Izadi, S.; Izmailov, S. A.; Jin, C.; Kasavajhala, K.; Kaymak, M. C.; King, E.; Kovalenko, A.; Kurtzman, T.; Lee, T. S.; LeGrand, S.; Li, P.; Lin, C.; Liu, J.; Luchko, T.; Luo, R.; Machado, M.; Man, V.; Manathunga, M.; Merz, K. M.; Miao, Y.; Mikhailovskii, O.; Monard, G.; Nguyen, H.; O’Hearn, K. A.; Onufriev, A.; Pan, F.; Pantano, S.; Qi, R.; Rahnamoun, A.; Roe, D. R.; Roitberg, A.; Sagui, C.; Schott-Verdugo, S.; Shen, J.; Simmerling, C. L.; Skrynnikov, N. R.; Smith, J.; Swails, J.; Walker, R. C.; Wang, J.; Wei, H.; Wolf, R. M.; Wu, X.; Xue, Y.; York, D. M.; Zhao, S.; Kollman, P. A. Amber 20. 2021, San Francisco.
-
Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Li, X.; Caricato, M.; Marenich, A. V.; Bloino, J.; Janesko, B. G.; Gomperts, R.; Mennucci, B.; Hratchian, H. P.; Ortiz, J. V.; Izmaylov, A. F.; Sonnenberg, J. L.; Williams, Ding, F.; Lipparini, F.; Egidi, F.; Goings, J.; Peng, B.; Petrone, A.; Henderson, T.; Ranasinghe, D.; Zakrzewski, V. G.; Gao, J.; Rega, N.; Zheng, G.; Liang, W.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Throssell, K.; Montgomery Jr., J. A.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M. J.; Heyd, J. J.; Brothers, E. N.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Keith, T. A.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A. P.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Millam, J. M.; Klene, M.; Adamo, C.; Cammi, R.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Fox, D. J. Gaussian 16, Revision C.01, Gaussian, Inc., Wallingford, 2016.
-
Neese, F.; Wennmohs, F.; Becker, U.; Riplinger, C. The ORCA Quantum Chemistry Program Package. J. Chem. Phys. 2020, 152 (22), 224108.
https://doi.org/10.1063/5.0004608. -
Barca, G. M. J.; Bertoni, C.; Carrington, L.; Datta, D.; De Silva, N.; Deustua, J. E.; Fedorov, D. G.; Gour, J. R.; Gunina, A. O.; Guidez, E.; Harville, T.; Irle, S.; Ivanic, J.; Kowalski, K.; Leang, S. S.; Li, H.; Li, W.; Lutz, J. J.; Magoulas, I.; Mato, J.; Mironov, V.; Nakata, H.; Pham, B. Q.; Piecuch, P.; Poole, D.; Pruitt, S. R.; Rendell, A. P.; Roskop, L. B.; Ruedenberg, K.; Sattasathuchana, T.; Schmidt, M. W.; Shen, J.; Slipchenko, L.; Sosonkina, M.; Sundriyal, V.; Tiwari, A.; Galvez Vallejo, J. L.; Westheimer, B.; Włoch, M.; Xu, P.; Zahariev, F.; Gordon, M. S. Recent Developments in the General Atomic and Molecular Electronic Structure System. J. Chem. Phys. 2020, 152 (15), 154102.
https://doi.org/10.1063/5.0005188. -
Shirts, M. R.; Klein, C.; Swails, J. M.; Yin, J.; Gilson, M. K.; Mobley, D. L.; Case, D. A.; Zhong, E. D. Lessons Learned from Comparing Molecular Dynamics Engines on the SAMPL5 Dataset. J. Comput. Aided Mol. Des. 2017, 31 (1), 147–161.
https://doi.org/10.1007/s10822-016-9977-1. -
Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. Application of RESP Charges. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115 (7), 9620–9631.
-
Vanommeslaeghe, K.; Hatcher, E.; Acharya, C.; Kundu, S.; Zhong, S.; Shim, J.; Darian, E.; Guvench, O.; Lopes, P.; Vorobyov, I.; Mackerell, A. D. Jr. CHARMM General Force Field: A Force Field for Drug-Like Molecules Compatible with the CHARMM All-Atom Additive Biological Force Fields. J. Comput. Chem. 2010, 31 (4), 671–690.
https://doi.org/10.1002/jcc.21367. -
Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. VMD - Visual Molecular Dynamics. J. Mol. Graphics 1996, 14 (1), 33–38.
https://doi.org/10.1016/S0263-7855(96)00018-5